(一)办公室。负责牵头制定机关各项规章制度,负责机关日常运转工作,承担重大问题调研、重要文稿起草、政务公开、档案、保密、行政后勤管理、公务接待等工作,承办建议提案工作。承担机关或单位年度目标责任考核工作等。
(二)编制人事科（机关党办）。拟订卫生健康人才发展规划,承担机关和直属单位的人事管理、机构编制和队伍建设等工作,组织实施卫生健康专业技术人员资格管理、职称考试和评审。拟订并组织实施卫生健康科技发展规划及相关政策,组织开展相关科研项目、医学重点学科建设、适宜技术推广工作。 承担实验室生物安全监督工作。组织开展住院医师、全科医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续医学教育工作。协同指导医学院校教育。组织指导卫生健康工作领域的国内外交流与合作、对外宣传、援藏援疆援外工作。承担机关及直属单位人员的出国(出境)等涉外管理工作。
负责机关和直属事业单位的党群工作。
(三)规划财务科（内审科）。承担卫生健康战略统筹协调推进工作,组织拟订卫生健康事业发展中长期规划,承担统筹规划与协调优化卫生健康服务资源配置工作,指导县级卫生健康事业规划的编制和实施,指导卫生健康服务体系和信息化建设,开展卫生健康统计工作。承担机关和预算管理单位预决算、财务和资产管理工作,提出医疗服务价格的建议。负责机关和直属单位内部审计工作。
(四)政策法规与行政审批科。贯彻落实卫生健康政策、法规、规章，依照有关法律法规组织卫生健康规范性文件起草工作，承担地方标准有关工作,承担规范性文件的合法性审查、行政复议、行政应诉和法律法规咨询以及解释工作，指导、组织推进法治建设,承担普法依法治理工作。负责本部门行政审批制度改革相关工作,负责政务服务中心窗口的管理工作,负责本部门具有审批性质行政职权事项的受理、办理或牵头组织联审联办工作,指导本系统行政审批制度改革工作。
(五) 体制改革科。承担市深化医药卫生体制改革具体工作,研究提出深化医药卫生体制改革重大方针、政策、措施的建议,承担组织推进公立医院综合改革工作。
(六)疾病预防控制科。拟订重大疾病防治规划、免疫规划、严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施并组织实施,指导和协调全市疾病预防控制体系建设,依法管理传染病、慢性病、地方病防治工作,承担法定报告传染病疫情信息发布工作。承担市防治艾滋病工作委员会、市地方病防治领导小组的日常工作。会同有关部门制定、实施食品安全风险监测计划，负责国家和省食品安全标准的宣传贯彻，开展食品安全风险监测。
(七)医政医管科。拟订并组织实施医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理以及行风建设等相关政策规范、标准,拟订全市医疗机构床位设置规划，承担推进护理、康复事业发展工作,指导医院药事、临床实验室管理等工作。拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核制度,组织实施综合性医疗机构评审评价工作。协调推进分级诊疗制度建设。组织实施医师资格考试工作。负责市保健对象的医疗保健工作。
(八) 中医药管理科。拟订全市中医药事业发展规划、政策和相关技术标准并组织实施。落实中西医结合政策。指导中医药服务体系建设。组织实施中医药人才培养工作。促进中医药科技成果的转化、应用和推广。推进中医药文化继承发展。参与制定中药产业发展规划和产业政策。组织开展中医药对外交流合作。
（九）基层卫生健康科。拟订全市基层卫生健康政策、标准、规范并组织实施,指导全市基层卫生健康服务体系建设和乡村医生管理工作。负责对口支援乡镇卫生院和社区卫生服务中心（站）项目管理工作,承担全市家庭医生签约服务综合管理工作，承担农村和社区基本公共卫生服务项目综合管理工作,收集、分析农村和社区居民健康状况信息，监督指导农村、社区卫生政策落实工作。
（十）卫生应急科（突发公共卫生事件应急指挥中心）。承担卫生应急和紧急医学救援工作,组织编制卫生应急专项预案,组织实施和指导监督预案演练，组织指导卫生应急体系和能力建设，依法发布突发公共卫生事件应急处置信息。做好应急医疗救援工作，负责全市重要会议、重大活动的医疗卫生保障工作。负责信访、综合治理和组织落实委机关值班值守等工作。
(十一) 综合监督科（药政科）。承担公共卫生、医疗卫生等监督工作,查处医疗服务市场违法行为。组织开展学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治、职业卫生监督检查。完善卫生健康综合监督体系,监督指导综合行政执法改革,负责重大医疗卫生违法案件查处和跨区域执法的组织协调工作,指导规范执法行为。承担推进卫生健康行业综合监管制度组织协调的具体工作。贯彻落实国家药物政策和国家基本药物制度,落实基本药物目录,开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警。会同有关部门提出基本药物目录内药品供应使用的鼓励扶持政策和药品价格政策的建议。协调推进药品供应保障制度建设。
(十二) 老龄健康科。建立完善老年健康服务体系，组织拟订并贯彻落实医养结合的政策、标准和规范,协同开展老年疾病防治、老年人医疗照护等老年健康工作。
（十三）妇幼健康与人口家庭发展科。拟订妇幼卫生健康政策、规划、技术标准和规范并组织实施,推进妇幼健康服务体系建设,指导妇女卫生、儿童卫生、生殖健康工作,推动生育全程服务、出生缺陷综合防治、婴幼儿早期发展,规范人类辅助生殖技术和避孕药具管理。承担人口监测预警工作,研究提出促进人口与家庭发展的政策建议,完善生育政策并组织实施,建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度,推动计划生育家庭奖励规定落实。
（十四）职业健康科。拟订职业卫生、放射卫生相关政策、标准并组织实施。开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作。协调开展职业病防治工作。
(十五)宣传科。负责开展卫生健康宣传、健康教育、健康促进活动,负责卫生健康宣传网络建设，负责本系统重大先进典型的宣传报道，承担卫生健康科学普及、新闻宣传和信息发布工作。组织开展《烟草控制框架公约》履约有关工作。
(十六)爱国卫生运动委员会办公室。拟定全市爱国卫生工作的中长期发展规划、年度计划、统筹协调全市爱国卫生运动委员会各成员部门职责的落实。承担市爱国卫生运动委员会的日常工作。
离退休人员工作科。负责机关离退休人员工作，指导直属单位的离退休人员工作。
